본원의 교육과정은 기본과정인 신학사 과정과 심화과정인 석사과정, 그리고 연구과정인 박사과정으로 구성되어 있으며 그 과정은 아래와 같습니다.

기본과정은 창세기부터 요한계시록까지 성경연구의 근본과 기초를 공부합니다.

석사과정은 성경진리의 탁월함과 우월함을 바탕으로 개혁파 신학을 비롯한 모든 기독교 관련 학문을 비판적으로 연구하는 과정입니다.

박사과정은 성경권위와 바른기독교 신학의 토대 위해 성경 중심적 통합학문 및 기독교 세계관을 연구하는 과정입니다.